東京大學大學院理學部研究科附屬植物園（とうきょうだいがくだいがくいんりがくけいけんきゅうかふぞくしょくぶつえん），一般稱為小石川植物園（こいしかわしょくぶつえん），是日本東京大學附屬的一個植物研究機構 。位於東京都文京區小石川（こいしかわ）。該園原先是德川幕府所設置的御用醫學藥草園，自明治維新起，是日本現代植物學研究的發源地。同時，也是台灣本土植物研究工作上最重要的植物園。
小石川植物園中除科學代表性的活體蒐藏之外，相關的圖書、儀器亦非常完備，並有一座全日本典藏量最豐富的標本館，蒐藏的標本高達 170 萬份；由於空間的關係，目前分兩部分存放，除植物園外，部分開花植物另存於東大校本部的綜合研究博物館。其培育的植物分類人才不勝枚舉，歷任園長在植物分類學界個個赫赫有名。
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