高能加速器研究機構（日語：高エネルギー加速器研究機構，簡稱KEK）原為隸屬於日本文部省的國家實驗室，於2004年改制為法人後，隸屬於日本大學共同利用機關法人，為高能物理學與加速器科學的綜合研究機構。KEK最早是在1997年4月1日，由原來的高能物理研究所、東京大學原子核研究所以及東京大學理學院所附屬的介子科學研究中心改組而成的，成為一所綜合研究所大學（綜合研究大學院大學）。
簡稱為KEK，是沿用原來的高能物理研究所的略稱。同時，原來的高能物理研究所，是日本最早提供全球資訊網服務的公開機構。
身為原高能物理研究所教授、基本粒子原子核研究所所長、歷任高能加速器研究機構理事、高能加速器研究機名譽教授（2009年1月為特別榮譽教授）的小林誠，在該機構的貝爾實驗數據的支持下，得到2008年的諾貝爾物理學獎。
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